سال پس از فاجعه "دومین اصابت"، جهان با خطر جدیدی روبرو می شود: موجودات غول پیکر آسمانی که فرشته نامیده می شوند، به توکیو-۳ حمله می کنند. بشر حتی با استفاده از پیشرفته ترین وسایل نظامی اش، توانایی دفاع از خود مقابل فرشتگان را ندارد. تنها امید برای رستگاری بشریت در دست NERV، یک سازمان سری است که توسط گندو ایکاری کنترل می شود. نرو ربات های بزرگ انسان گونه ای به اسم "اونگلیون" استفاده می کند تا با سلاح های فوق پیشرفته و مانع های دفاعی با فرشتگان بجنگد.
شینجی ایکاری ۱۴ ساله، که سالهاست پدرش، گندو، رهایش کرده، به توکیو-۳ بازگشته است. شینجی تنها کسی است که می تواند با اونگلیون واحد-۰۱ کار کند. او باید با وجود غم درونی اش، آسیب های روحی و روانی گذشته، و پدری که از او سوء استفاده می کند، با فرشتگان بجنگد، چرا که آینده بشر در دستان اوست.
داستان اونگلیون هر چه بیشتر پیش می رود، پیچیده تر و جذاب تر می شود، و پر است از معما، هیجان و پیچش های داستانی ای که داستان تامل برانگیز اونگلیون را جذاب تر می کنند.
شخصیت پردازی اثر فوق العاده است. شینجی ایکاری یکی از واقعی ترین و تاثیرگذارترین شخصیت های تاریخ انیمه است. شینجی یک قهرمان هالیوودی که با لبخند همه را نجات می دهد نیست و فردی باورپذیر است. مشکلات درونی و ذهنی شیجی به زیبایی با مونولوگ های پیچیده و روش های زیبای تصویری توسط هیدئاکی آنو به نمایش در آمده است. آسوکا و ری، دو شخصیت نوجوان اصلی دیگر، نقطه مقابل یکدیگر اند و به هر دو به شکل جالبی در طول انیمه پرداخته می شود، و این رشد و پردازش های شخصیتی، قلب اونگلیون است.
طراحی انیمه نیز خاص و متفاوت است. اونگلیون ها و فرشتگان طراحی خاص و به یاد ماندنی ای دارند. فرشتگان هر کدام ظاهری متفاوت از یکدیگر دارند که جلوی تکراری شدنشان را می گیرد. انیمیشن اثر نیز خوش ساخت است و صحنه ها تا مدت ها در یادتان می مانند. موسیقی نیز، به خصوص اپنینگ، مانند همه چیز دیگر اونگلیون شدیداً به یاد ماندنی است و با اتفاقات همخوانی دارد.
دو قسمت آخر انیمه عجیب و خاص هستند که شاید به ذائقه هر کسی نیایند، که مشکلی نیست چرا که سینمایی "پایان اونگلیون" به زیبایی آن را می بندد.
همچنین صداگذاری، سرعت پیشبرد داستان، و طراحی صدای اثر، همگی فوق العاده اند.
این انیمه، یک شاهکار به تمام معناست.