در اعماق کوهای آرارات ترکیه، یه گروه مخفی به نام آرکام چیزی رو که به نظر میرسه کشتی نوح هست رو پیدا می کنن. اما نیروهای ماشینی آمریکا که یه سازمان سرکش و قانون شکن پنتاگون هست می خواد که برای برتری جویی جهانی این کشتی رو تصاحب کنه. تنها یک اپراتور ویژه آرکام به نام اسپیریگان سر راه اونا قرار داره. عضو ژاپنی اسپیریگان یو امینائه به اسپیریگان فرانسوی ژان ژاک موندو ملحق میشه تا با اعضای نیروهای ماشین آمریکا که توسط کلنل مکدوگال هدایت میشن که پسریست که به صورت ژنتیکی ارتقا پیدا کرده و دارای قدرتهای ذهنی ماورالطبیعه خطرناکی داره. اونا باید به سرعت عمل کنن تا جلوی مکدوگال رو بگیرن قبل از این که اون از کشتی برای مقاصد خودش استفاده کنه.