در طول جنگ اقیانوس آرام در توکیو، ماهیتو ماکی 11 ساله مادرش هیساکو را در آتش سوزی یک بیمارستان از دست می دهد. شوئیچی، پدر ماهیتو، صاحب کارخانه مهمات هوایی، با خواهر همسرش، ناتسوکو، ازدواج می کند و آنها به املاک روستایی خود می برد. ماهیتو، در کنار ناتسوکوی باردار، با یک مرغ ماهی خوار غول پیکر خاکستری عجیب و غریب روبرو می شود که او را به یک برج مهر و موم شده هدایت می کند، آخرین مکان شناخته شده و میراثی از عموی معمار ناتسوکو. پس از یک دعوا در مدرسه، ماهیتو به عمد خود را مجروح می کند. مرغ ماهی خوار که اکنون صحبت می کند، ماهیتو را با وعده یافتن مادرش وسوسه می کند. ماهیتوی غمگین علیرغم شک و تردیدش، احساس می کند که مجبور است بفهمد آیا آن پرنده عجیب و غریب حقیقت را می گوید یا نه. تلاش ماهیتو، او و نامادری اش را به اعماق جنگل هدایت می کند و آنها را به قلمرویی خیالی می برد که رویاها و واقعیت را در هم آمیخته است.
در مسیرهایی پر پیچ و خم و در عین حال به طور پیوسته جادویی، فیلم پسرک و مرغ ماهی خوار وقتی به عنوان آواز قوی عمیقاً شخصی هایائو میازاکی در نظر گرفته می شود و به بالاترین سطح ممکن می رسد. روایت این فیلم هیچ پاسخ قطعی برای عمیق ترین پرسش های زندگی ارائه نمی دهد. اما به عنوان یک شاهکار پایانی مملو از شعرهای بصری، حباب های شگفت انگیز و درخشش های خرد و کلان است و نت های موسیقیایی میازاکی، احساسی رضایت بخش را ایجاد می کند. این فیلم هم پروازهای پر از شادی و خیال و هم تفکرات روحی یک هنرمند افسانه ای را که به پایان سفر خود نزدیک می شود، تداعی می کند و مشعلی که تا اکنون دست او بوده را به رویاپردازان آینده می سپارد. فیلم پسرک و مرغ ماهی خوار علیرغم غرق شدن در برخی بن بست های روایتگری، بر بال های تصویرسازی بی نظیر و تأملات صادقانه ای که در مورد غم، فقدان و اخلاق است، به طرز بی نظیری ارائه می شود. ما نمی توانیم خداحافظی شیرین تر و الهام بخش تری از این فیلم را از میازاکی بزرگ انتظار داشته باشیم.